马克思主义学院的前身，可追溯至1958年的广州师范学院马克思列宁主义教研室，1988年，原马克思列宁主义教研室成立政治经济管理系，正式招收思想政治教育专业本科生，并负责全院政治理论公共课教学。

2000年，由广州师范学院、华南建设院（西院）、广州教育学院（广州师专）、原广州大学四所院校为主体合并组成广州大学，原广州师范学院政治经济管理系与德育教研室、原华南建设学院（西院）社会科学部、原广州教育学院政治系、原广州大学社会科学部共同组成法学院，招收思想政治教育、法学和行政管理专业本科生，并负责全校的“两课”的教学；2000年，由教育学院牵头，法学院正式招收学科教学法（思想政治教育专业）硕士研究生；2002年，取得思想政治教育硕士点并正式招生。

2004年，法学院根据学科专业发展需要一分为三，分别组成公共管理学院、法学院和社会科学部。思想政治教育系隶属于公共管理学院。2005年，取得马克思主义哲学、马克思主义基本原理、马克思主义发展史硕士点。2009年开始招生全日制教育硕士研究生。2010年获得马克思主义理论一级学科硕士点。

2012年，公共管理学院政治教育系与社会科学部合并组建马克思主义学院（政治与公民教育学院），7月5日召开成立大会并宣布学院党政班子。同年，马克思主义理论一级学科入选广东省一级优势重点学科。2017年后停止使用政治与公民教育学院名称，只使用马克思主义学院名称。2020年思想政治教育专业入选国家一流本科专业，2022年在教育学一级学科博士点下设“马克思主义教育思想研究”二级学科博士点招生方向，并正式招收首届学术博士生。

第一届党政班子成员（2012.07-2017.01）

院长：赵中源

党委书记：刘树谦

副院长：罗明星、夏宏、黄禧祯（2015年任职）

党委副书记：李燕冰

第二届党政班子成员（2017.02-2020.12）

院长：赵中源

党委书记：罗明星

副院长：黄禧祯、冉杰、吴阳松（2019年任职）

党委副书记：朱晓军

第三届党政班子成员（2021.01-）

院长：赵中源

党委书记：罗明星

副院长：冉杰、吴阳松、左康华

党委副书记：梅淑宁